This course gives an introduction to how to create genetic circuit models. These models leverage chemical reactions represented using the Systems Biology Markup Language (SBML). The second module introduces methods to simulate these models using ordinary differential equation (ODE) methods. The third module teach stochastic simulation methods. The fourth module introduces several variations of the stochastic simulation algorithm. Finally, the fifth module introduces genetic technology method that leverage computational analysis for selecting parts and verifying their performance.
Engineering Genetic Circuits: Modeling and Analysis
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Engineering Genetic Circuits: Modeling and Analysis
Dieser Kurs ist Teil von Spezialisierung Engineering Genetic Circuits
Dozenten: Chris Myers
Bei 
enthalten
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Stufe Mittel
Empfohlene Erfahrung
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3 Wochen bei 8 Stunden pro Woche
Flexibler Zeitplan
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Auf einen Abschluss hinarbeiten
Was Sie lernen werden
Design and analyze models of genetic circuits.
Simulate genetic circuit models using ODE simulation methods.
Simulate genetic circuit models using stochastic simulation methods.
Utilize genetic technology mappers to select parts for genetic designs.
Kompetenzen, die Sie erwerben
- Kategorie: Stochastic Simulation Analysis
- Kategorie: Genetic Technology Mapping
- Kategorie: Differential Equation Analysis
- Kategorie: Genetic Circuit Models
- Kategorie: SSA Variations
Wichtige Details
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16 Aufgaben
Unterrichtet in Englisch
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In diesem Kurs gibt es 5 Module
This week will describe the basics of modeling biological systems using chemical reactions, how these models can be represented using the Systems Biology Markup Language (SBML) standard, and how these models can be constructed using software tools such as iBioSim.
Das ist alles enthalten
23 Videos6 Lektüren2 Aufgaben1 peer review
This module will introduce the theory and methods for the analysis of genetic circuit models using ordinary differential equations (ODEs). In particular, it will describe the classical chemical kinetic model, numerical methods for ODE simulation of these models, and techniques to analyze these ODE models qualitatively.
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13 Videos3 Lektüren3 Aufgaben1 peer review
This module will introduce stochastic analysis methods for genetic circuits. In particular, it will introduce the stochastic chemical kinetics model, Gillespie's Stochastic Simulation Algorithm (SSA) to analyze these models, and various alternative stochastic analysis methods. Finally, the module will conclude with some additional topics: the Chemical Langevin Equation, stochastic Petri nets, the phage lambda model, and spatial Gillespie methods.
Das ist alles enthalten
20 Videos4 Lektüren4 Aufgaben1 peer review
This module presents several variations on the SSA algorithm to solve particular analysis problems. In particular, the hierarchical SSA (hSSA) methods enable the analysis of large models, the weighted SSA (wSSA) methods allow for the analysis of rare events, and the incremental SSA (iSSA) methods enable the determination of typical behaviors.
Das ist alles enthalten
18 Videos4 Lektüren3 Aufgaben
This module presents various ways that modeling can be utilized in genetic circuit design to select parts for optimal performance.
Das ist alles enthalten
21 Videos4 Lektüren4 Aufgaben
Dozenten
Empfohlen, wenn Sie sich für Electrical Engineering interessieren
Johns Hopkins University
Arizona State University
University of California, Irvine
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