Dieser Kurs bietet Demonstrationen und Übungen zur Durchführung gängiger genomikbasierter Analyseaufgaben von bakteriellen Sequenzdaten. Er verwendet BV-BRC, das Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center (Zusammenschluss von PATRIC, IRD und ViPR, den drei früheren Ressourcen), als Plattform für die Analyse. BV-BRC ist das von NIH/NIAID finanzierte bakterielle Bioinformatik-Ressourcenzentrum, das umfassende bakterielle Genomdaten mit integrierten Analysetools und Visualisierungen bereitstellt. Das BV-BRC bietet auch einen privaten Arbeitsbereich, in den Benutzer ihre eigenen Daten hochladen und analysieren können. Die Kursteilnehmer erwerben die notwendigen Fähigkeiten, um vergleichende Analysen von bakteriellen Genomen durchzuführen, beginnend mit rohen Sequenzdaten. Die Lektionen des ersten Moduls befassen sich mit der Genomassemblierung, der Annotation, der Erstellung phylogenetischer Bäume und dem Vergleich von Proteinfamilien und Proteomen. Jede Lektion baut auf der vorhergehenden auf, so dass ein vollständiger Arbeitsablauf für die Basisanalyse entsteht. HINWEIS: Die Übungen in diesem Kurs wurden mit PATRIC entwickelt, dem Vorgängersystem von BV-BRC. Da BV-BRC jedoch auf PATRIC aufbaut, ist der Inhalt größtenteils gleich geblieben.
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Empfohlene Erfahrung
Was Sie lernen werden
Lernen Sie, wie man ein bakterielles Genom zusammensetzt
Lernen Sie, wie man ein bakterielles Genom annotiert
Lernen Sie, wie man einen phylogenetischen Baum aus einem Satz bakterieller Genome erstellt
Lernen Sie, wie man grundlegende vergleichende Analysen eines Satzes bakterieller Genome durchführt
Wichtige Details
8 Aufgaben
Erfahren Sie, wie Mitarbeiter führender Unternehmen gefragte Kompetenzen erwerben.
In diesem Kurs gibt es 8 Module
Diese Lektion bietet eine Einführung in BV-BRC, das Bacterial and Viral Resource Integration Center (ehemals PATRIC), ein Bioinformatik-Ressourcenzentrum zur Unterstützung der bakteriellen Forschung. BV-BRC bietet umfassende bakterielle Genomdaten mit integrierten Analysetools und Visualisierungen. BV-BRC bietet auch einen privaten Arbeitsbereich, in den Benutzer ihre eigenen Daten hochladen und analysieren können. BV-BRC wird als Plattform für die in diesem Modul behandelten Analysemethoden dienen. Beachten Sie, dass die Übungen mit PATRIC, dem Vorgängersystem von BV-BRC, entwickelt wurden. BV-BRC wurde jedoch auf der Grundlage von PATRIC entwickelt, so dass der Inhalt größtenteils gleich geblieben ist.
Das ist alles enthalten
7 Videos1 Aufgabe
Diese Lektion enthält eine Schritt-für-Schritt-Anleitung für die Assemblierung eines Genoms aus einer Reihe von bakteriellen Sequenzleseproben mit dem BV-BRC Genome Assembly Service. Es sind Übungen enthalten, um das Verständnis zu verbessern und den Assemblierungsprozess zu üben. Beachten Sie, dass die Übungen mit PATRIC, dem Vorgängersystem von BV-BRC, entwickelt wurden. BV-BRC wurde jedoch auf der Grundlage von PATRIC entwickelt, so dass der Inhalt größtenteils gleich geblieben ist.
Das ist alles enthalten
7 Videos1 Aufgabe
Diese Lektion enthält eine Schritt-für-Schritt-Anleitung für die Annotation eines Genoms aus Contigs unter Verwendung des BV-BRC Bacterial Genome Annotation Service. Es sind Übungen enthalten, um das Verständnis zu verbessern und den Annotationsprozess zu üben. Beachten Sie, dass die Übungen mit PATRIC, dem Vorgängersystem von BV-BRC, entwickelt wurden. BV-BRC wurde jedoch auf der Grundlage von PATRIC entwickelt, so dass der Inhalt größtenteils gleich geblieben ist.
Das ist alles enthalten
7 Videos1 Aufgabe
Diese Lektion enthält eine Schritt-für-Schritt-Anleitung für das Assemblieren, Kommentieren und Durchführen einer automatisierten Analyse eines Genoms aus einem Satz bakterieller Sequenzleseproben mit dem BV-BRC Comprehensive Genome Analysis Service. Es sind Übungen enthalten, um das Verständnis zu verbessern und den Umgang mit dem Dienst zu üben. Beachten Sie, dass die Übungen mit PATRIC, dem Vorgängersystem von BV-BRC, entwickelt wurden. BV-BRC wurde jedoch auf der Grundlage von PATRIC entwickelt, so dass der Inhalt größtenteils gleich geblieben ist.
Das ist alles enthalten
10 Videos1 Aufgabe
Diese Lektion enthält eine Schritt-für-Schritt-Anleitung zur Erstellung eines codonbasierten Stammbaums aus einer Reihe von Genomen mit dem BV-BRC Codon Tree Service. Es sind Übungen enthalten, um das Verständnis zu verbessern und den Umgang mit dem Dienst zu üben. Beachten Sie, dass die Übungen mit PATRIC, dem Vorgängersystem von BV-BRC, entwickelt wurden. BV-BRC wurde jedoch auf der Grundlage von PATRIC entwickelt, so dass der Inhalt größtenteils gleich geblieben ist.
Das ist alles enthalten
9 Videos1 Aufgabe
Diese Lektion enthält eine Schritt-für-Schritt-Anleitung für die Suche nach Genomen (und der zugehörigen Taxonomie) in BV-BRC, die Ihrem Genom oder Ihren Sequenzen ähnlich sind, unter Verwendung des Similar Genome Finder Service. Es sind Übungen enthalten, um das Verständnis zu verbessern und den Umgang mit dem Dienst zu üben. Beachten Sie, dass die Übungen mit PATRIC, dem Vorgängersystem von BV-BRC, entwickelt wurden. BV-BRC wurde jedoch auf der Grundlage von PATRIC entwickelt, so dass der Inhalt größtenteils gleich geblieben ist.
Das ist alles enthalten
4 Videos1 Aufgabe
Diese Lektion enthält eine Schritt-für-Schritt-Anleitung zur Verwendung des BV-BRC Protein Family Sorter, um das Vorhandensein, die Abwesenheit und die Anzahl von Proteinen in Proteinfamilien in einer Reihe von Genomen zu vergleichen. Es sind Übungen enthalten, um das Verständnis zu verbessern und den Umgang mit dem Tool zu üben. Beachten Sie, dass die Übungen mit PATRIC, dem Vorgängersystem von BV-BRC, entwickelt wurden. BV-BRC wurde jedoch auf der Grundlage von PATRIC entwickelt, so dass der Inhalt größtenteils gleich geblieben ist.
Das ist alles enthalten
13 Videos1 Aufgabe
Diese Lektion enthält eine Schritt-für-Schritt-Anleitung zur Verwendung des BV-BRC Proteome Comparison Service, um einen Satz von Genomen mit einem Referenzgenom, einer Merkmalsgruppe oder einer FASTA-Datei zu vergleichen. Es sind Übungen enthalten, um das Verständnis zu verbessern und den Umgang mit dem Tool zu üben. Beachten Sie, dass die Übungen mit PATRIC, dem Vorgängersystem von BV-BRC, entwickelt wurden. BV-BRC wurde jedoch auf der Grundlage von PATRIC entwickelt, so dass der Inhalt größtenteils gleich geblieben ist.
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11 Videos1 Aufgabe
Dozent
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Geprüft am 27. Okt. 2022
Geprüft am 6. Feb. 2024
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