Nommé l'un des 50 meilleurs MOOC de tous les temps par Class Central ! Ce cours commence une série de cours illustrant la puissance de l'informatique dans la biologie moderne. Rejoignez-nous à la frontière de la bio-informatique pour chercher des messages cachés dans l'ADN sans jamais avoir besoin d'enfiler une blouse de laboratoire. Dans la première moitié du cours, nous étudions la réplication de l'ADN et posons la question suivante : où commence la réplication de l'ADN dans le génome ? Nous verrons que nous pouvons répondre à cette question pour de nombreuses bactéries en utilisant seulement quelques algorithmes simples pour rechercher des messages cachés dans le génome. Dans la seconde moitié du cours, nous examinerons une question biologique différente, en nous demandant quels motifs d'ADN jouent le rôle d'horloges moléculaires. Les cellules de votre corps parviennent à maintenir un rythme circadien, mais comment y parvient-on au niveau de l'ADN ? Une fois de plus, nous verrons qu'en sachant quels messages cachés rechercher, nous pouvons commencer à comprendre le langage étonnamment complexe de l'ADN. Enfin, vous mettrez la main à la pâte et appliquerez des outils logiciels existants pour trouver des motifs biologiques récurrents dans les gènes qui permettent à Mycobacterium tuberculosis de rester "dormant" dans un hôte pendant de nombreuses années avant de provoquer une infection active.
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Trouver les messages cachés dans l'ADN (Bioinformatique I)
Ce cours fait partie de Spécialisation Bioinformatique
Instructeurs : Pavel Pevzner
111 531 déjà inscrits
Inclus avec
(1,015 avis)
Compétences que vous acquerrez
- Catégorie : Bioinformatique
- Catégorie : Algorithmes bioinformatiques
- Catégorie : Algorithmes
- Catégorie : Programmation en Python
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Il y a 5 modules dans ce cours
</p><p>Bienvenue en classe!</p><p>Ce cours se concentrera sur deux questions à la pointe de la biologie informatique moderne, ainsi que sur les approches algorithmiques que nous utiliserons pour les résoudre entre parenthèses:</p><ol><li>Les semaines 1-2 : Où commence la réplication de l'ADN dans le génome ? (<em>Échauffement algorithmique</em>)</li><li>Les semaines 3 et 4 : Quels motifs d'ADN jouent le rôle d'horloges moléculaires ? (<em>Algorithmes aléatoires</em>)</li></ol><p>La semaine 5 consistera en un défi d'application bioinformatique dans lequel vous aurez l'occasion d'appliquer un logiciel de recherche de motifs d'ADN à un ensemble de données biologiques réelles.</p><p>Chacun des deux chapitres du cours est accompagné d'un dessin humoristique sur la bioinformatique créé par Randall Christopher et servant de tête de chapitre dans le best-seller de la Specializations, <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">compagnon d'impression</a>. Vous trouverez la bande dessinée du premier chapitre au bas de ce message. Quel est le rapport entre un message crypté menant à un trésor enfoui et la biologie ? Nous espérons que vous le découvrirez avec nous!</p><p><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/replication_cropped.jpg" title="Image : http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/chapter1_cropped.jpg" width="500"></p><p><a href="http://compeau.cbd.cmu.edu" target="_blank"><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/Compeau_caricature.jpg" width ="150"></a> <a href="http://cseweb.ucsd.edu/~ppevzner/" target="_blank"><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/Pevzner_caricature.jpg" width ="150"></a><p>Phillip et Pavel</p><p>Phillip et Pavel</p><p>
Inclus
3 vidéos3 lectures1 devoir2 éléments d'application
</p> <p>Bienvenue à la deuxième semaine de cours!</p> <p>Cette semaine, nous examinerons les détails biologiques de la réplication de l'ADN dans la cellule. Nous verrons ensuite comment utiliser ces détails pour nous aider à concevoir une approche algorithmique intelligente à la recherche de l'origine de la réplication dans un génome bactérien.</p> <p>La semaine prochaine, nous examinerons les détails biologiques de la réplication de l'ADN dans la cellule
Inclus
2 vidéos1 lecture1 devoir2 éléments d'application
</p> <p>Bienvenue à la troisième semaine de cours ! </p> <p>Cette semaine, nous entamons un nouveau chapitre intitulé "Quels motifs d'ADN jouent le rôle d'horloges moléculaires ?" Au bas de ce message, vous trouverez la bande dessinée bioinformatique de cette semaine. Quel est le point commun entre une virée nocturne au casino avec deux mathématiciens français du XVIIIe siècle et la recherche d'horloges moléculaires ? Commencez à apprendre pour le découvrir...</p> <p><img src="https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter3_final.jpg" title="Image : https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter3_final.jpg" width="528"></p> <p>La bande dessinée bioinformatique de cette semaine est une bande dessinée bioinformatique
Inclus
3 vidéos1 lecture1 devoir2 éléments d'application
</p> <p>Bienvenue à la semaine 4 du cours ! </p> <p>La semaine dernière, nous avons abordé quelques algorithmes d'introduction à la recherche de motifs. Cette semaine, nous allons voir comment améliorer ces approches de recherche de motifs en concevant des algorithmes aléatoires qui peuvent "jeter les dés" pour trouver des motifs.</p> <p>La semaine dernière, nous avons rencontré quelques algorithmes d'introduction à la recherche de motifs
Inclus
3 vidéos1 lecture1 devoir2 éléments d'application
Cette semaine, nous utiliserons des logiciels de recherche de motifs populaires afin de rechercher des motifs dans un ensemble de données biologiques réel.
Inclus
1 évaluation par les pairs
Instructeurs
Offert par
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