Dans le cours précédent de la Specializations, nous avons appris à comparer les gènes, les protéines et les génomes. L'une des façons d'utiliser ces méthodes est de construire un "arbre de vie" montrant comment une large collection d'organismes apparentés a évolué au fil du temps. Dans la première moitié du cours, nous discuterons des approches de construction d'arbres évolutifs qui ont fait l'objet de certains des articles scientifiques les plus cités de tous les temps, et nous montrerons comment elles peuvent résoudre des questions allant de la recherche de l'origine d'un virus mortel à la localisation du lieu de naissance de l'homme moderne. Dans la seconde moitié du cours, nous changerons de vitesse et nous examinerons la vieille affirmation selon laquelle les oiseaux ont évolué à partir des dinosaures. Comment pouvons-nous le prouver ? Nous examinerons en particulier un résultat selon lequel les peptides prélevés sur un fossile de T. rex correspondent étroitement aux peptides trouvés chez les poulets. Enfin, vous apprendrez à appliquer des outils logiciels de bioinformatique populaires pour reconstruire un arbre évolutif des ébolavirus et identifier la source de la récente épidémie d'Ebola qui a fait la une des journaux du monde entier.
Evolution moléculaire (Bioinformatique IV)
Ce cours fait partie de Spécialisation Bioinformatique
Instructeurs : Pavel Pevzner
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Il y a 6 modules dans ce cours
</p><p>Bienvenue dans notre classe!</p><p>Dans cette classe, nous examinerons les deux questions biologiques centrales suivantes (les approches informatiques nécessaires pour les résoudre sont indiquées entre parenthèses):</p><ol><li>Semaines 1-3 : Quel animal nous a donné le SRAS ? (<i>Construction d'arbres évolutifs</i>)</li><li>Semaines 4-5 : Est-ce que <em>T. rex</em> n'était qu'une grosse poule mouillée ?  ;(<em>Algorithmes combinatoires</em>)</li></ol><p>La semaine 6, vous relèverez un défi d'application en bioinformatique en appliquant des algorithmes de construction d'arbres évolutifs afin de déterminer l'origine de la récente épidémie d'ébola en Afrique.</p><p>Comme dans les cours précédents, chacun de ces deux chapitres est accompagné d'une bande dessinée sur la bioinformatique créée par le talentueux artiste Randall Christopher et servant d'en-tête de chapitre dans le best-seller de la Specializations <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">compagnon d'impression</a>. Vous trouverez la bande dessinée du premier chapitre au bas de ce message. Quel est le rapport entre les punaises et les chauves-souris, d'une part, et les virus mortels, d'autre part ? Et comment la bio-informatique peut-elle être utilisée pour stopper ces virus dans leur élan ? Commencez à apprendre dès aujourd'hui et découvrez-le!</p><p><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/evolution_cropped.jpg" title="Image : http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/evolution_cropped.jpg" width="528"></p>
Inclus
5 vidéos2 lectures1 devoir2 éléments d'application
</p> <p>Bienvenue à la deuxième semaine de cours ! </p> <p>La semaine dernière, nous avons commencé à voir comment les arbres évolutifs peuvent être construits à partir de matrices de distance. Cette semaine, nous allons rencontrer d'autres algorithmes à cette fin, y compris l'algorithme de jointure entre voisins, qui est devenu l'un des dix articles les plus cités dans toute la science depuis son introduction il y a trois décennies.</p> <p>La semaine dernière, nous avons commencé à voir comment les arbres évolutifs peuvent être construits à partir de matrices de distance
Inclus
3 vidéos1 lecture1 devoir2 éléments d'application
</p> <p>Bienvenue à la troisième semaine de cours ! </p> <p>Au cours des deux dernières semaines, nous avons vu plusieurs algorithmes différents pour construire des arbres évolutifs à partir de matrices de distance.</p> <p>Cette semaine, nous conclurons le chapitre actuel en examinant ce qui se passe si nous utilisons des propriétés appelées "caractères" à la place des distances. Nous verrons également comment déduire les états ancestraux des organismes dans un arbre évolutif, et nous nous demanderons s'il est possible de définir un algorithme efficace pour cette tâche.</p> <p>La semaine prochaine, nous conclurons ce chapitre en examinant ce qui se passe si nous utilisons des propriétés appelées "caractères" au lieu des distances
Inclus
4 vidéos1 lecture1 devoir2 éléments d'application
</p> <p>Bienvenue à la quatrième semaine de cours ! </p> <p>Les oiseaux ont-ils évolué à partir des dinosaures ? Au cours des deux prochaines semaines, nous verrons comment nous pourrions analyser les preuves moléculaires à l'appui de cette théorie. Vous trouverez la bande dessinée de Randall Christopher sur la bioinformatique de cette semaine au bas de cet e-mail. Pourquoi le <em>T. rex </em> ressemble-t-il tant à un poulet ? Et pourquoi le singe tape-t-il frénétiquement ? Continuez à apprendre pour le découvrir!</p> <p><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/proteomics_cropped.jpg" title="Image : http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/proteomics_cropped.jpg" width="528"></p> <p>Les dessins humoristiques de Randolph Christopher sont des illustrations de l'évolution de la science et de la technologie
Inclus
4 vidéos1 devoir2 éléments d'application
</p> <p>Bienvenue à la cinquième semaine de cours ! </p> <p>La semaine dernière, nous nous sommes demandé s'il était possible que des peptides de dinosaures survivent enfermés dans un fossile pendant 65 millions d'années. Cette semaine, nous allons voir ce que cette question a à voir avec les statistiques ; ce faisant, nous verrons comment un singe tapant des symboles sur une machine à écrire peut être utilisé pour y répondre.</p> <p>La semaine dernière, nous nous sommes demandé s'il était possible que des peptides de dinosaures survivent enfermés dans un fossile pendant 65 millions d'années
Inclus
5 vidéos1 devoir2 éléments d'application
</p> <p>Bienvenue à la sixième et dernière semaine du cours ! </p> <p>Dans le défi d'application de la bioinformatique de cette semaine, nous allons reconstruire un arbre évolutif des ébolavirus et l'utiliser pour déterminer l'origine de l'agent pathogène qui a causé la récente épidémie en Afrique.</p> <p>
Inclus
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Avis des étudiants
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Révisé le 20 juil. 2019
In depth and comprehensive coverage of the topics in genetic data analysis.
Révisé le 4 déc. 2016
At some point several instructors lost necessary passion to keep us focused. Otherwise it was a very informed and enjoyable presentation. Historical references are extremely important.
Révisé le 23 oct. 2019
Yet another course in this series with really high quality content. If you want to learn something about bioinformatics, you're in the right place.
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