Les 15 dernières années ont été passionnantes pour la biologie végétale. Des centaines de génomes de plantes ont été séquencés, le RNA-seq a permis d'établir des profils d'expression à l'échelle du transcriptome, et une prolifération de méthodes basées sur le "-seq" a permis de déterminer les interactions protéine-protéine et protéine-ADN à peu de frais et à haut débit. Ces ensembles de données nous permettent à leur tour de générer des hypothèses au clic d'une souris ou au tapotement d'un doigt.La spécialisation en bioinformatique des plantes sur Coursera présente les compétences et les ressources bioinformatiques de base, telles que la Genbank de NCBI, Blast, les alignements de séquences multiples, la phylogénétique dans les méthodes bioinformatiques I, suivies de l'interaction protéine-protéine, de la bioinformatique structurelle et de l'analyse RNA-seq dans les méthodes bioinformatiques II. Dans Plant Bioinformatics, nous couvrons 33 outils en ligne spécifiques aux plantes, des navigateurs de génome à l'exploration de données transcriptomiques, en passant par les analyses de promoteurs/réseaux et autres. Cette spécialisation est utile à tout biologiste moléculaire végétal moderne souhaitant se faire une idée de l'incroyable étendue des données disponibles pour les chercheurs. Une petite partie de la programmation R est introduite dans les Méthodes bioinformatiques II, mais la plupart des outils sont des applications web. Il est recommandé d'avoir accès à un ordinateur portable ou de bureau pour utiliser ces outils, car ils ne fonctionneront pas nécessairement comme applications mobiles sur votre téléphone ou votre tablette.
Projet d'apprentissage appliqué
La spécialisation en bioinformatique des plantes sur Coursera présente les compétences et les ressources bioinformatiques de base, telles que la Genbank de NCBI, Blast, les alignements de séquences multiples, la phylogénétique dans Bioinformatic Methods I, suivie par l'interaction protéine-protéine, la bioinformatique structurelle et l'analyse RNA-seq dans Bioinformatic Methods II. Dans Plant Bioinformatics, nous couvrons 33 outils en ligne spécifiques aux plantes, des navigateurs de génome à l'exploration de données transcriptomiques, en passant par les analyses de promoteurs/réseaux et autres. Enfin, dans le cadre d'un stage de bioinformatique végétale, nous utilisons ces outils pour formuler une hypothèse sur le rôle biologique d'un gène de fonction inconnue, qui sera résumée dans un rapport de laboratoire.
