Ce cours propose des démonstrations et des exercices permettant d'effectuer des tâches courantes d'analyse de données de séquences bactériennes basées sur la génomique. Il utilise BV-BRC, le Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center (fusion de PATRIC, IRD et ViPR, les trois anciennes ressources), comme plateforme d'analyse. BV-BRC est le centre de ressources bioinformatiques bactériennes financé par le NIH/NIAID, qui fournit des données génomiques bactériennes complètes avec des outils d'analyse et de visualisation intégrés. BV-BRC fournit également un espace de travail privé où les utilisateurs peuvent télécharger et analyser leurs propres données. Les participants au cours acquerront les compétences nécessaires pour effectuer une analyse comparative des génomes bactériens, en commençant par les données de séquence brutes. Les leçons du premier module couvrent l'assemblage du génome, l'annotation, la construction de l'arbre phylogénétique et les comparaisons entre familles de protéines et protéomes. Les leçons du premier module couvrent l'assemblage du génome, l'annotation, la construction de l'arbre phylogénétique et les comparaisons entre familles de protéines et protéomes. NOTE : Les exercices de ce cours ont été développés à l'aide de PATRIC, le système prédécesseur de BV-BRC. Cependant, BV-BRC a été construit à partir de PATRIC, donc la plupart du contenu est encore le même.
Bioinformatique bactérienne
Enseigné en Anglais
Certains éléments de contenu peuvent ne pas être traduits
16 337 déjà inscrits
(204 avis)
Expérience recommandée
Ce que vous apprendrez
Apprenez à assembler un génome bactérien
Apprenez à annoter un génome bactérien
Apprenez à générer un arbre phylogénétique à partir d'un ensemble de génomes bactériens
Apprenez à effectuer des analyses comparatives de base d'un ensemble de génomes bactériens
Détails à connaître
8 quizzes
Découvrez comment les employés des entreprises prestigieuses maîtrisent des compétences recherchées
Il y a 8 modules dans ce cours
Cette leçon présente BV-BRC, le Bacterial and Viral Resource Integration Center (anciennement PATRIC), un centre de ressources bioinformatiques destiné à soutenir la recherche sur les bactéries. BV-BRC fournit des données génomiques bactériennes complètes avec des outils d'analyse et de visualisation intégrés. BV-BRC fournit également un espace de travail privé où les utilisateurs peuvent télécharger et analyser leurs propres données. BV-BRC servira de plateforme pour les méthodes d'analyse abordées dans ce module. Notez que les exercices ont été développés à l'aide de PATRIC, le système prédécesseur de BV-BRC. Cependant, BV-BRC a été construit à partir de PATRIC, de sorte que la plupart du contenu reste le même.
Inclus
7 vidéos1 quiz
Cette leçon fournit des instructions pas à pas pour l'assemblage d'un génome à partir d'un ensemble de séquences bactériennes lues en utilisant le service d'assemblage de génomes BV-BRC. Des exercices sont inclus pour améliorer la compréhension et la maîtrise du processus d'assemblage. Notez que les exercices ont été développés à l'aide de PATRIC, le système prédécesseur de BV-BRC. Cependant, BV-BRC a été construit à partir de PATRIC, de sorte que la plupart du contenu est toujours le même.
Inclus
7 vidéos1 quiz
Cette leçon fournit des instructions pas à pas pour l'annotation d'un génome à partir de contigs à l'aide du service d'annotation du génome bactérien BV-BRC. Des exercices sont inclus pour améliorer la compréhension et la maîtrise du processus d'annotation. Notez que les exercices ont été développés à l'aide de PATRIC, le système prédécesseur de BV-BRC. Cependant, BV-BRC a été construit à partir de PATRIC, donc la plupart du contenu est encore le même.
Inclus
7 vidéos1 quiz
Cette leçon fournit des instructions pas à pas pour l'assemblage, l'annotation et l'analyse automatisée d'un génome à partir d'un ensemble de séquences bactériennes lues à l'aide du service d'analyse complète du génome du CRBV. Des exercices sont inclus pour améliorer la compréhension et développer la maîtrise du service. Des exercices sont inclus pour améliorer la compréhension et la maîtrise de l'utilisation du service. Notez que les exercices ont été développés à l'aide de PATRIC, le système prédécesseur de BV-BRC. Cependant, BV-BRC a été construit à partir de PATRIC, donc la plupart du contenu est encore le même.
Inclus
10 vidéos1 quiz
Cette leçon fournit des instructions étape par étape pour générer un arbre phylogénétique basé sur les codons à partir d'un ensemble de génomes en utilisant le service d'arbre à codons BV-BRC. Des exercices sont inclus pour améliorer la compréhension et la maîtrise de l'utilisation du service. Des exercices sont inclus pour améliorer la compréhension et la maîtrise de l'utilisation du service. Notez que les exercices ont été développés à l'aide de PATRIC, le système prédécesseur de BV-BRC. Cependant, BV-BRC a été construit à partir de PATRIC, de sorte que la plupart du contenu reste le même.
Inclus
9 vidéos1 quiz
Cette leçon fournit des instructions pas à pas pour trouver dans BV-BRC des génomes (et la taxonomie associée) similaires à votre génome ou à vos séquences à l'aide du service Similar Genome Finder (recherche de génomes similaires). Des exercices sont inclus pour améliorer la compréhension et la maîtrise de l'utilisation du service. Notez que les exercices ont été développés à l'aide de PATRIC, le système prédécesseur de BV-BRC. Cependant, BV-BRC a été construit à partir de PATRIC, de sorte que la plupart du contenu reste le même.
Inclus
4 vidéos1 quiz
Cette leçon fournit des instructions pas à pas pour l'utilisation du trieur de familles de protéines BV-BRC afin de comparer la présence, l'absence et le nombre de protéines dans les familles de protéines à travers un ensemble de génomes. Des exercices sont inclus pour améliorer la compréhension et la maîtrise de l'outil. Notez que les exercices ont été développés à l'aide de PATRIC, le système prédécesseur de BV-BRC. Cependant, BV-BRC a été construit à partir de PATRIC, de sorte que la plupart du contenu est toujours le même.
Inclus
13 vidéos1 quiz
Cette leçon fournit des instructions étape par étape pour utiliser le service de comparaison des protéomes de BV-BRC afin de comparer un ensemble de génomes à un génome de référence, à un groupe de caractéristiques ou à un fichier FASTA. Des exercices sont inclus pour améliorer la compréhension et la maîtrise de l'outil. Notez que les exercices ont été développés à l'aide de PATRIC, le système prédécesseur de BV-BRC. Cependant, BV-BRC a été construit à partir de PATRIC, de sorte que la plupart du contenu est encore le même.
Inclus
11 vidéos1 quiz
Instructeur
Offert par
Recommandé si vous êtes intéressé(e) par Informatique de santé
Technical University of Denmark (DTU)
University of California San Diego
University of California San Diego
University of California San Diego
Pour quelles raisons les étudiants sur Coursera nous choisissent-ils pour leur carrière ?
Avis des étudiants
Affichage de 3 sur 204
204 avis
- 5 stars
78,26 %
- 4 stars
16,90 %
- 3 stars
3,38 %
- 2 stars
0,48 %
- 1 star
0,96 %
Ouvrez de nouvelles portes avec Coursera Plus
Accès illimité à plus de 7 000 cours de renommée internationale, à des projets pratiques et à des programmes de certificats reconnus sur le marché du travail, tous inclus dans votre abonnement
Faites progresser votre carrière avec un diplôme en ligne
Obtenez un diplôme auprès d’universités de renommée mondiale - 100 % en ligne
Rejoignez plus de 3 400 entreprises mondiales qui ont choisi Coursera pour les affaires
Améliorez les compétences de vos employés pour exceller dans l’économie numérique
Foire Aux Questions
L'accès aux cours et aux devoirs dépend de votre type d'inscription. Si vous suivez un cours en mode audit, vous pourrez consulter gratuitement la plupart des supports de cours. Pour accéder aux devoirs notés et obtenir un certificat, vous devrez acheter l'expérience de certificat, pendant ou après votre audit. Si vous ne voyez pas l'option d'audit :
Il se peut que le cours ne propose pas d'option d'audit. Vous pouvez essayer un essai gratuit ou demander une aide financière.
Le cours peut proposer l'option "Cours complet, pas de certificat" à la place. Cette option vous permet de consulter tous les supports de cours, de soumettre les évaluations requises et d'obtenir une note finale. Cela signifie également que vous ne pourrez pas acheter un certificat d'expérience.