Von Class Central zu einem der 50 besten MOOCs aller Zeiten gekürt! Dieser Kurs bildet den Auftakt zu einer Reihe von Kursen, die die Möglichkeiten der Computertechnik in der modernen Biologie veranschaulichen. Begleiten Sie uns an die Grenze der Bioinformatik, um nach versteckten Botschaften in der DNA zu suchen, ohne jemals einen Laborkittel anziehen zu müssen. In der ersten Hälfte des Kurses untersuchen wir die DNA-Replikation und stellen die Frage, wo im Genom die DNA-Replikation beginnt Wir werden sehen, dass wir diese Frage für viele Bakterien beantworten können, indem wir nur einige einfache Algorithmen verwenden, um nach versteckten Botschaften im Genom zu suchen. In der zweiten Hälfte des Kurses untersuchen wir eine andere biologische Frage, wenn wir fragen, welche DNA-Muster die Rolle von molekularen Uhren spielen. Die Zellen in Ihrem Körper schaffen es, einen zirkadianen Rhythmus aufrechtzuerhalten, aber wie wird dies auf der Ebene der DNA erreicht? Auch hier werden wir sehen, dass wir die erstaunlich komplexe Sprache der DNA verstehen können, wenn wir wissen, nach welchen versteckten Botschaften wir suchen müssen. Schließlich werden Sie sich die Hände schmutzig machen und vorhandene Software-Tools anwenden, um wiederkehrende biologische Motive in den Genen zu finden, die dafür verantwortlich sind, dass Mycobacterium tuberculosis viele Jahre lang in einem Wirt "schlummert", bevor es eine aktive Infektion verursacht.
Versteckte Botschaften in der DNA finden (Bioinformatik I)
Dieser Kurs ist Teil von Spezialisierung Bioinformatik
Unterrichtet auf Englisch
Einige Inhalte können nicht übersetzt werden
Dozenten: Pavel Pevzner
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Kompetenzen, die Sie erwerben
- Kategorie: Bioinformatik
- Kategorie: Bioinformatik-Algorithmen
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- Kategorie: Python-Programmierung
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In diesem Kurs gibt es 5 Module
<p>Willkommen im Kurs!</p><p>Dieser Kurs wird sich auf zwei Fragen konzentrieren, die an der Spitze der modernen Computerbiologie stehen, zusammen mit den algorithmischen Ansätzen, die wir verwenden werden, um sie in Klammern zu lösen:</p><ol><li>Woche 1-2: Wo im Genom beginnt die DNA-Replikation? (<em>Algorithmisches Aufwärmen</em>)</li><li>Woche 3-4: Welche DNA-Muster spielen die Rolle von molekularen Uhren? (<em>Randomisierte Algorithmen</em>)</li></ol><p>Woche 5 besteht aus einer Bioinformatik-Anwendungsherausforderung, bei der Sie Software zum Auffinden von DNA-Motiven auf einen realen biologischen Datensatz anwenden werden.</p><p>Jedes der beiden Kapitel des Kurses wird von einem Bioinformatik-Cartoon begleitet, der von Randall Christopher erstellt wurde und als Kapitelüberschrift im Bestseller der Specializations <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">print companion</a> dient. Sie finden den Cartoon des ersten Kapitels am Ende dieser Nachricht. Was hat eine kryptische Nachricht, die zu einem vergrabenen Schatz führt, mit Biologie zu tun? Wir hoffen, Sie werden es mit uns herausfinden!</p><p><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/replication_cropped.jpg" title="Bild: http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/chapter1_cropped.jpg" width="500"></p><p><a href="http://compeau.cbd.cmu.edu" target="_blank"><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/Compeau_caricature.jpg" width ="150"></a> <a href="http://cseweb.ucsd.edu/~ppevzner/" target="_blank"><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/Pevzner_caricature.jpg" width ="150"></a></p><p>Phillip und Pavel</p>
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<p>Willkommen zu Woche 2 des Kurses!</p> <p>In dieser Woche werden wir die biologischen Details untersuchen, wie die DNA-Replikation in der Zelle durchgeführt wird. Dann werden wir sehen, wie wir diese Details nutzen können, um einen intelligenten algorithmischen Ansatz für die Suche nach dem Replikationsursprung in einem bakteriellen Genom zu entwickeln.</p>
Das ist alles enthalten
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<p>Willkommen zu Woche 3 des Kurses!</p> <p>In dieser Woche beginnen wir ein neues Kapitel mit dem Titel "Welche DNA-Muster spielen die Rolle von molekularen Uhren?" Am Ende dieser Nachricht finden Sie den Bioinformatik-Cartoon dieser Woche. Was hat ein nächtlicher Casinobesuch mit zwei französischen Mathematikern aus dem 18. Jahrhundert mit der Suche nach molekularen Uhren gemeinsam? Finden Sie es heraus...</p> <p><img src="https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter3_final.jpg" title="Image: https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter3_final.jpg" width="528"></p>
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<p>Willkommen zu Woche 4 des Kurses!</p> <p>Letzte Woche haben wir einige einführende Algorithmen zur Motivfindung kennengelernt. In dieser Woche werden wir sehen, wie wir diese Motivfindungsansätze verbessern können, indem wir randomisierte Algorithmen entwerfen, die "würfeln" können, um Motive zu finden.</p>
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Willkommen zu Woche 5 des Kurses! In dieser Woche werden wir beliebte Software zur Motivsuche anwenden, um in einem echten biologischen Datensatz nach Motiven zu suchen.
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1 peer review
Dozenten
Empfohlen, wenn Sie sich für Gesundheitsinformatik interessieren
McMaster University
University of California San Diego
University of Illinois Urbana-Champaign
Johns Hopkins University
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Geprüft am 26. Juli 2017
Geprüft am 22. Sep. 2020
Geprüft am 13. März 2021
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